«Труды ГОИН» — основное периодическое издание для публикации работ института. Это позволяет не только обеспечивать преемственность научных школ, но и делать накопленные знания доступными для широкого круга специалистов — океанологов, гидрологов, гидрохимиков, экологов, преподавателей, аспирантов и студентов.
После образования ГОИНа из Плавморнина в 1929 г. первый выпуск Трудов Государственного океанографического института вышел в свет в 1931 году. Одной из важнейших задач того времени было накормить страну, обеспечить продовольственную безопасность, поэтому направленность работ ГОИНа была в большей степени рыбохозяйственной, чем океанографической. В 1933 г. он был объединен с Центральным научно-исследовательским институтом морского рыбного хозяйства и реорганизован во ВНИРО. Всего за 1931-1933 гг. было издано 12 выпусков «Трудов ГОИН».
В 1943 г. ГОИН был возрожден для решения чисто океанографических и гидрометеорологических задач в результате объединения морского отдела ГГИ и Центрального института морских прогнозов ГУГМС. С 1947 г. было продолжено издание «Трудов ГОИН». Преемственность подчеркивалась нумерацией выпусков: первый выпуск «Трудов ГОИН» 1947 г. имел номер 1(13). Такая двойная нумерация выпусков сохранялась вплоть до выпуска 33(45) в 1956 г. В 1957 г. вышел в свет выпуск 34.
За многие годы сложилась устойчивая традиция: под знаком «Трудов ГОИН» выходили не только периодические журнальные выпуски, но и отдельные монографии, посвящённые итоговым результатам исследований по ключевым направлениям. Такие монографические выпуски становились важными вехами в развитии океанографической науки и позволяли глубоко и всесторонне обобщать накопленный материал, фиксировать завершённые этапы крупных научных проектов.
В «Трудах ГОИН» находили отражение как итоги работы коллектива института, так и новые результаты, полученные по отдельным направлениям. Тематика статей охватывает широчайший спектр: от классических исследований океанов и морей до современных задач моделирования гидрофизических процессов, изучения прибрежных акваторий и устьевых областей рек, спутникового мониторинга и экологических проблем.
С 1947 г. издание не прерывало своей истории, в 2025 г. был издан 225 выпуск «Трудов ГОИН». Сегодня институт ведет работу по переводу выпусков в электронную форму, что открывает новые возможности для ознакомления с богатейшим научным наследием одного из ведущих мореведческих институтов СССР и России.